Peter Parker es un adolescente de dieciséis años que sufre la picadura de una araña que le modifica genéticamente, convirtiéndole en un superhéroe. Peter tiene que encontrar un equilibrio entre sus alter-ego y la vida entre la escuela y los combates contra villanos como Vulture, Mysterio o el Doctor Octopus.
El Hombre Araña es en realidad Peter Parker, un tímido estudiante afectado por una araña radioactiva durante una visita a un laboratorio. A partir de ese momento, Peter comienza a experimentar una serie de cambios y empieza a tener los poderes de un arácnido.
Spider-Man Unlimited empieza supuestamente unos años después de la anterior serie explicándonos que los humanos enviaron una nave espacial que encontró una segunda Tierra y que estos destruyeron la nave espacial por lo que el hijo de J. J. Jameson decide ir a esa otra Tierra.
La serie se basa en la vida de Peter Parker, después de que se haya transformado en Spider-Man. En la serie también se desarrolla la vida amorosa con Mary Jane Watson, así como la relación de Spider-Man con la prensa y la mafia de Kingpin.